O Programa de Pós-Graduação em História da UFBA foi criado em 1990, quando se desmembrou do Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais e estruturou o primeiro curso de mestrado em História na Bahia. Desde então, o PPGH–UFBA tem sido referência para algumas áreas de pesquisa, em âmbito nacional e internacional.
A primeira área de relevo são os estudos sobre história social da escravidão e do pós-abolição, e suas diversas interfaces (a exemplo de história da África, do mundo Atlântico e história dos povos nativos da América), desenvolvidos na linha de pesquisa Escravidão e Invenção da Liberdade.
Mas, em especial na última década, as investigações sobre mundos do trabalho, religião e religiosidade, instituições políticas, relações de gênero e práticas da escrita, dentre outros aspectos da história da cultura do mundo luso-brasileiro, desenvolvidas no âmbito da linha de pesquisa Cultura e Sociedade, têm adquirido destaque notável.
Já os pesquisadores da linha de Sociedade, Relações de Poder e Região têm contribuído fortemente para a ampliação de estudos no campo da história política, tais como formação do Estado Nacional, partidos e movimentos de esquerda, ditaduras e anticomunismo.
Atualmente o PPGH conta com sete pesquisadores CNPq.